На поверхности семян содержится большое количество микроорганизмов, которые могут сильно влиять на качество их. Это — бактерии плесневые грибы, которые сначала заселяют поверхность здоровых семян, а затем поражают их изнутри, что приводит к потере сухого вещества, снижению их жизнеспособности, а иногда и  к полной гибели.

Для снижения зараженности семян микроорганизмами и вредителями используют целый ряд мероприятий. Сюда относится своевременная и тщательная очистка семян сильным потоком сухого воздуха от пыли и примесей на машинах, сушка семян, заблаговременное их протравливание.

При появлении в семенах так называемой свободной воды, т. е. химически не связанной с молекулами органических веществ, дыхание особенно усиливается, что связано с повышением активности ферментов, стимулирующих дыхание семян.

Для семян репчатого лука критическая влажность равняется 10,6 %, т. е. это та верхняя граница содержания воды в семенах, при которой практически не наблюдается обмена веществ.

Семена хорошо хранятся при закладке их с влажностью в пределах критической и поддержании нормальных условий — температуры и влажности — в течение всего периода хранения. Чтобы более продолжительно сохранить качество семян, следует закладывать их на хранение при влажности на 2-3 % ниже критической и поддерживать их в состоянии полного анабиоза при высокой жизнеспособности. Рекомендуемая влажность семян при поступлении их па склад — 7 %, а допустимая влажность воздуха в хранилище — 40 %. Соблюдение этих условий возможно при использовании для хранения семян лука репчатого полиэтиленовых мешков, где они сохраняют свою постоянную массу и хорошую всхожесть в течение 4-5 лет.

Хранилище должно быть оборудовано приборами для измерения температуры и влажности воздуха. В случае изменения показателей температуры и влажности нужно принять все меры к восстановлению нормальных условий.